和萨摩藩的贸易完成后，终究是要回归目前岛内局势，自中秋节后，势力大增的穿越者再度派人南下或北上抗疫，并带上了现代病毒培养相关的物资，这将大大加强牛痘疫苗的普及，万余人份额的牛痘疫苗（牛痘病毒），在现代物资的支持下，一个月内足以完成大规模的分离培养制取。
十月，天花大流行，北方淡水城人口少，少数感染天花的也是从新港城派过去的移民们，穿越者们丝毫无损，因此北方只需要运过去少量疫苗便可以解决，同时在元老院的决定下解除淡水城的封锁，开港通市。
而南方各县天花泛滥，牛痘疫苗只能优先供给各港口以及最严重的村落聚居地，但哪怕是有牛痘疫苗的情况下，死亡依旧不可避免，初期穿越者对南部的组织能力不够，各县实际情况未能完全掌握，等到一批又一批的痘师派出去后，元老院才完全掌握了南部各县移民们的真实情况，触目惊心。
已是收获的季节，有些天花未曾波及的地方村落早已封锁各村口，按照元老院指示，严防死守陌生人进入，同时各村皆全力组织青壮收割，而天花泛滥的村落，因元老院下令禁止人口流通，病人都转移至村落外建茅草屋将养，一时间稍微遏制些许，但终究损伤不少人力。
之后元老院下令，优先给先前从各港口招募的民兵们接种疫苗，再由驻防当地的穿越者营长带领下进入各村帮助收割，同各村的村长好说歹说后才让其明白这些人是来帮助抢收的，不是趁火打劫之人，同时按照村子里的人头数实发纸币至个人，想来只要疫情结束，新港城的威望必然不像之前那样只能影响各港口区域，将深入各县远离海边的村落。
此时的云林县北部彰化平原，地处台湾西海岸的中部，浊水溪以北，大安溪以南。东临大肚山台地与八卦山台地，与台南嘉东平原隔浊水溪相对。地块略呈三角形。南北长约68公里，北部宽约5公里，南部宽约34公里，面积约900平方公里。海拔不足100米。彰化平原的形状，近似一个等边三角形，平原坦荡，土壤肥沃，平原北部背靠地势险要的八卦山，面向沃野良田，把守着台中盆地的出口，成为南来北往的咽喉，是由台中盆地进入彰化平原的首经之地。
彰化平原北部靠海区域有一港口名为鹿港，因中部地区昔日多鹿，鹿港为鹿群经常聚集之地，从荷兰据台至清初，鹿群遍布，鹿皮的买卖为全台最盛之地，故当地汉人也有称此地为鹿仔港者。
而荷兰据台时期，荷兰人的视线只有台南的区域以及魍港等地，浑然不知鹿港的存在，而穿越者们必然不会犯此错误，自从南部各地设县后，元老院虽然未在此地设县，但还是是由云林县明末穿越众(隔壁老实人)最新章节手机访问：https://m.xtxtaikan.com/wapbook68637/31739762/