清军在定点清除周围的威胁，而明朝却没有利用好这段时间解决自己内部矛盾。
1633崇祯六年，李自成率余部东渡黄河，在山西投奔了他的舅父“闯王“高迎祥，称“闯将“。
同年，曹文诏率千余关宁军击败山西境内的农民军，高迎祥、李自成、张献忠等均逃到河南被曹文诏、左良玉等多路明军包围。
然而此时后金军第二次入塞，曹文诏被调到大同抗金，被围农民军从王朴处突围。
六月，新任五省总督陈奇瑜乃引军西向，约会陕西、郧阳、湖广、河南四巡抚围剿汉南农民军。
高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等部见明军云集，误走车箱峡。峡谷之中为古栈道，四面山势险峻，易入难出，唯一出口为明军所截，“马乏刍多死，弓矢皆脱“，情势危殆。
李自成用顾君恩之计，贿赂陈奇瑜左右人士，向官兵诈降。此时陈奇瑜释放李自成等人，派五十多名安抚官将农民军遣送回籍，出了栈道，李自成立刻杀安抚官复叛。
1635崇祯八年，洪承畴任五省总督后围剿民军，民军退到河南洛阳一带。高迎祥、张献忠等十三家七十二营起义军在河南荥阳召开荥阳大会。
会议上李自成提出“分兵定向、四路攻战“方略。会后高迎祥、张献忠、李自成率部攻下南直隶凤阳，掘明皇室的祖坟，焚毁朱元璋曾经出家的“皇觉寺“，杀宦官六十多人，斩中都守将朱国相。
后来因为战利品分配问题，李自成与张献忠结怨，李自成分军西走甘肃。
1636崇祯九年，高迎祥在安徽被新任五省总督卢象升击败包围在郧阳山区。同年四月后金建国改清，六月清军第三次入塞。卢象升调任宣大总督抗清。
兵部侍郎王家桢继任五省总督，高迎祥等突围。高迎祥从子午谷进攻西安时兵败被新任陕西巡抚孙传庭所杀。高迎祥残部投奔李自成，李便被推为“闯王“，继续征战四川、甘肃、陕西一带。
李自成虽然称王，但手下士兵多为农民战斗力及其有限。加上此时的陕西、山西虽有天灾，但朝廷粮饷尚能发下一部分，而且精锐尚存，围剿的明军战斗力还是挺高的。因此李自成只能不断流窜，没有能力建立根据地。
明朝眼见农民军在中原一带不断壮大，崇祯皇帝气急攻心，不顾大臣们的反对，再次加税，又派出杨嗣昌总领中原五省，剿灭农民军。
此时明朝政府每年正常的岁入额为1400余万两，其中归入内府作为皇帝和宫廷享乐的约600余万两，属于户部用于政府开支的，不过400余万两。（不计三饷）
这个六百万两是藩王和皇帝的共同开支还是皇帝的单独开支作者存疑，但是作者认为应该是皇帝单独的开支。
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